1 | /*
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2 | Language: Stan
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3 | Description: The Stan probabilistic programming language
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4 | Author: Jeffrey B. Arnold <jeffrey.arnold@gmail.com>
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---|
5 | Website: http://mc-stan.org/
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---|
6 | Category: scientific
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---|
7 | */
|
---|
8 |
|
---|
9 | function stan(hljs) {
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---|
10 | // variable names cannot conflict with block identifiers
|
---|
11 | const BLOCKS = [
|
---|
12 | 'functions',
|
---|
13 | 'model',
|
---|
14 | 'data',
|
---|
15 | 'parameters',
|
---|
16 | 'quantities',
|
---|
17 | 'transformed',
|
---|
18 | 'generated'
|
---|
19 | ];
|
---|
20 | const STATEMENTS = [
|
---|
21 | 'for',
|
---|
22 | 'in',
|
---|
23 | 'if',
|
---|
24 | 'else',
|
---|
25 | 'while',
|
---|
26 | 'break',
|
---|
27 | 'continue',
|
---|
28 | 'return'
|
---|
29 | ];
|
---|
30 | const SPECIAL_FUNCTIONS = [
|
---|
31 | 'print',
|
---|
32 | 'reject',
|
---|
33 | 'increment_log_prob|10',
|
---|
34 | 'integrate_ode|10',
|
---|
35 | 'integrate_ode_rk45|10',
|
---|
36 | 'integrate_ode_bdf|10',
|
---|
37 | 'algebra_solver'
|
---|
38 | ];
|
---|
39 | const VAR_TYPES = [
|
---|
40 | 'int',
|
---|
41 | 'real',
|
---|
42 | 'vector',
|
---|
43 | 'ordered',
|
---|
44 | 'positive_ordered',
|
---|
45 | 'simplex',
|
---|
46 | 'unit_vector',
|
---|
47 | 'row_vector',
|
---|
48 | 'matrix',
|
---|
49 | 'cholesky_factor_corr|10',
|
---|
50 | 'cholesky_factor_cov|10',
|
---|
51 | 'corr_matrix|10',
|
---|
52 | 'cov_matrix|10',
|
---|
53 | 'void'
|
---|
54 | ];
|
---|
55 | const FUNCTIONS = [
|
---|
56 | 'Phi',
|
---|
57 | 'Phi_approx',
|
---|
58 | 'abs',
|
---|
59 | 'acos',
|
---|
60 | 'acosh',
|
---|
61 | 'algebra_solver',
|
---|
62 | 'append_array',
|
---|
63 | 'append_col',
|
---|
64 | 'append_row',
|
---|
65 | 'asin',
|
---|
66 | 'asinh',
|
---|
67 | 'atan',
|
---|
68 | 'atan2',
|
---|
69 | 'atanh',
|
---|
70 | 'bernoulli_cdf',
|
---|
71 | 'bernoulli_lccdf',
|
---|
72 | 'bernoulli_lcdf',
|
---|
73 | 'bernoulli_logit_lpmf',
|
---|
74 | 'bernoulli_logit_rng',
|
---|
75 | 'bernoulli_lpmf',
|
---|
76 | 'bernoulli_rng',
|
---|
77 | 'bessel_first_kind',
|
---|
78 | 'bessel_second_kind',
|
---|
79 | 'beta_binomial_cdf',
|
---|
80 | 'beta_binomial_lccdf',
|
---|
81 | 'beta_binomial_lcdf',
|
---|
82 | 'beta_binomial_lpmf',
|
---|
83 | 'beta_binomial_rng',
|
---|
84 | 'beta_cdf',
|
---|
85 | 'beta_lccdf',
|
---|
86 | 'beta_lcdf',
|
---|
87 | 'beta_lpdf',
|
---|
88 | 'beta_rng',
|
---|
89 | 'binary_log_loss',
|
---|
90 | 'binomial_cdf',
|
---|
91 | 'binomial_coefficient_log',
|
---|
92 | 'binomial_lccdf',
|
---|
93 | 'binomial_lcdf',
|
---|
94 | 'binomial_logit_lpmf',
|
---|
95 | 'binomial_lpmf',
|
---|
96 | 'binomial_rng',
|
---|
97 | 'block',
|
---|
98 | 'categorical_logit_lpmf',
|
---|
99 | 'categorical_logit_rng',
|
---|
100 | 'categorical_lpmf',
|
---|
101 | 'categorical_rng',
|
---|
102 | 'cauchy_cdf',
|
---|
103 | 'cauchy_lccdf',
|
---|
104 | 'cauchy_lcdf',
|
---|
105 | 'cauchy_lpdf',
|
---|
106 | 'cauchy_rng',
|
---|
107 | 'cbrt',
|
---|
108 | 'ceil',
|
---|
109 | 'chi_square_cdf',
|
---|
110 | 'chi_square_lccdf',
|
---|
111 | 'chi_square_lcdf',
|
---|
112 | 'chi_square_lpdf',
|
---|
113 | 'chi_square_rng',
|
---|
114 | 'cholesky_decompose',
|
---|
115 | 'choose',
|
---|
116 | 'col',
|
---|
117 | 'cols',
|
---|
118 | 'columns_dot_product',
|
---|
119 | 'columns_dot_self',
|
---|
120 | 'cos',
|
---|
121 | 'cosh',
|
---|
122 | 'cov_exp_quad',
|
---|
123 | 'crossprod',
|
---|
124 | 'csr_extract_u',
|
---|
125 | 'csr_extract_v',
|
---|
126 | 'csr_extract_w',
|
---|
127 | 'csr_matrix_times_vector',
|
---|
128 | 'csr_to_dense_matrix',
|
---|
129 | 'cumulative_sum',
|
---|
130 | 'determinant',
|
---|
131 | 'diag_matrix',
|
---|
132 | 'diag_post_multiply',
|
---|
133 | 'diag_pre_multiply',
|
---|
134 | 'diagonal',
|
---|
135 | 'digamma',
|
---|
136 | 'dims',
|
---|
137 | 'dirichlet_lpdf',
|
---|
138 | 'dirichlet_rng',
|
---|
139 | 'distance',
|
---|
140 | 'dot_product',
|
---|
141 | 'dot_self',
|
---|
142 | 'double_exponential_cdf',
|
---|
143 | 'double_exponential_lccdf',
|
---|
144 | 'double_exponential_lcdf',
|
---|
145 | 'double_exponential_lpdf',
|
---|
146 | 'double_exponential_rng',
|
---|
147 | 'e',
|
---|
148 | 'eigenvalues_sym',
|
---|
149 | 'eigenvectors_sym',
|
---|
150 | 'erf',
|
---|
151 | 'erfc',
|
---|
152 | 'exp',
|
---|
153 | 'exp2',
|
---|
154 | 'exp_mod_normal_cdf',
|
---|
155 | 'exp_mod_normal_lccdf',
|
---|
156 | 'exp_mod_normal_lcdf',
|
---|
157 | 'exp_mod_normal_lpdf',
|
---|
158 | 'exp_mod_normal_rng',
|
---|
159 | 'expm1',
|
---|
160 | 'exponential_cdf',
|
---|
161 | 'exponential_lccdf',
|
---|
162 | 'exponential_lcdf',
|
---|
163 | 'exponential_lpdf',
|
---|
164 | 'exponential_rng',
|
---|
165 | 'fabs',
|
---|
166 | 'falling_factorial',
|
---|
167 | 'fdim',
|
---|
168 | 'floor',
|
---|
169 | 'fma',
|
---|
170 | 'fmax',
|
---|
171 | 'fmin',
|
---|
172 | 'fmod',
|
---|
173 | 'frechet_cdf',
|
---|
174 | 'frechet_lccdf',
|
---|
175 | 'frechet_lcdf',
|
---|
176 | 'frechet_lpdf',
|
---|
177 | 'frechet_rng',
|
---|
178 | 'gamma_cdf',
|
---|
179 | 'gamma_lccdf',
|
---|
180 | 'gamma_lcdf',
|
---|
181 | 'gamma_lpdf',
|
---|
182 | 'gamma_p',
|
---|
183 | 'gamma_q',
|
---|
184 | 'gamma_rng',
|
---|
185 | 'gaussian_dlm_obs_lpdf',
|
---|
186 | 'get_lp',
|
---|
187 | 'gumbel_cdf',
|
---|
188 | 'gumbel_lccdf',
|
---|
189 | 'gumbel_lcdf',
|
---|
190 | 'gumbel_lpdf',
|
---|
191 | 'gumbel_rng',
|
---|
192 | 'head',
|
---|
193 | 'hypergeometric_lpmf',
|
---|
194 | 'hypergeometric_rng',
|
---|
195 | 'hypot',
|
---|
196 | 'inc_beta',
|
---|
197 | 'int_step',
|
---|
198 | 'integrate_ode',
|
---|
199 | 'integrate_ode_bdf',
|
---|
200 | 'integrate_ode_rk45',
|
---|
201 | 'inv',
|
---|
202 | 'inv_Phi',
|
---|
203 | 'inv_chi_square_cdf',
|
---|
204 | 'inv_chi_square_lccdf',
|
---|
205 | 'inv_chi_square_lcdf',
|
---|
206 | 'inv_chi_square_lpdf',
|
---|
207 | 'inv_chi_square_rng',
|
---|
208 | 'inv_cloglog',
|
---|
209 | 'inv_gamma_cdf',
|
---|
210 | 'inv_gamma_lccdf',
|
---|
211 | 'inv_gamma_lcdf',
|
---|
212 | 'inv_gamma_lpdf',
|
---|
213 | 'inv_gamma_rng',
|
---|
214 | 'inv_logit',
|
---|
215 | 'inv_sqrt',
|
---|
216 | 'inv_square',
|
---|
217 | 'inv_wishart_lpdf',
|
---|
218 | 'inv_wishart_rng',
|
---|
219 | 'inverse',
|
---|
220 | 'inverse_spd',
|
---|
221 | 'is_inf',
|
---|
222 | 'is_nan',
|
---|
223 | 'lbeta',
|
---|
224 | 'lchoose',
|
---|
225 | 'lgamma',
|
---|
226 | 'lkj_corr_cholesky_lpdf',
|
---|
227 | 'lkj_corr_cholesky_rng',
|
---|
228 | 'lkj_corr_lpdf',
|
---|
229 | 'lkj_corr_rng',
|
---|
230 | 'lmgamma',
|
---|
231 | 'lmultiply',
|
---|
232 | 'log',
|
---|
233 | 'log10',
|
---|
234 | 'log1m',
|
---|
235 | 'log1m_exp',
|
---|
236 | 'log1m_inv_logit',
|
---|
237 | 'log1p',
|
---|
238 | 'log1p_exp',
|
---|
239 | 'log2',
|
---|
240 | 'log_determinant',
|
---|
241 | 'log_diff_exp',
|
---|
242 | 'log_falling_factorial',
|
---|
243 | 'log_inv_logit',
|
---|
244 | 'log_mix',
|
---|
245 | 'log_rising_factorial',
|
---|
246 | 'log_softmax',
|
---|
247 | 'log_sum_exp',
|
---|
248 | 'logistic_cdf',
|
---|
249 | 'logistic_lccdf',
|
---|
250 | 'logistic_lcdf',
|
---|
251 | 'logistic_lpdf',
|
---|
252 | 'logistic_rng',
|
---|
253 | 'logit',
|
---|
254 | 'lognormal_cdf',
|
---|
255 | 'lognormal_lccdf',
|
---|
256 | 'lognormal_lcdf',
|
---|
257 | 'lognormal_lpdf',
|
---|
258 | 'lognormal_rng',
|
---|
259 | 'machine_precision',
|
---|
260 | 'matrix_exp',
|
---|
261 | 'max',
|
---|
262 | 'mdivide_left_spd',
|
---|
263 | 'mdivide_left_tri_low',
|
---|
264 | 'mdivide_right_spd',
|
---|
265 | 'mdivide_right_tri_low',
|
---|
266 | 'mean',
|
---|
267 | 'min',
|
---|
268 | 'modified_bessel_first_kind',
|
---|
269 | 'modified_bessel_second_kind',
|
---|
270 | 'multi_gp_cholesky_lpdf',
|
---|
271 | 'multi_gp_lpdf',
|
---|
272 | 'multi_normal_cholesky_lpdf',
|
---|
273 | 'multi_normal_cholesky_rng',
|
---|
274 | 'multi_normal_lpdf',
|
---|
275 | 'multi_normal_prec_lpdf',
|
---|
276 | 'multi_normal_rng',
|
---|
277 | 'multi_student_t_lpdf',
|
---|
278 | 'multi_student_t_rng',
|
---|
279 | 'multinomial_lpmf',
|
---|
280 | 'multinomial_rng',
|
---|
281 | 'multiply_log',
|
---|
282 | 'multiply_lower_tri_self_transpose',
|
---|
283 | 'neg_binomial_2_cdf',
|
---|
284 | 'neg_binomial_2_lccdf',
|
---|
285 | 'neg_binomial_2_lcdf',
|
---|
286 | 'neg_binomial_2_log_lpmf',
|
---|
287 | 'neg_binomial_2_log_rng',
|
---|
288 | 'neg_binomial_2_lpmf',
|
---|
289 | 'neg_binomial_2_rng',
|
---|
290 | 'neg_binomial_cdf',
|
---|
291 | 'neg_binomial_lccdf',
|
---|
292 | 'neg_binomial_lcdf',
|
---|
293 | 'neg_binomial_lpmf',
|
---|
294 | 'neg_binomial_rng',
|
---|
295 | 'negative_infinity',
|
---|
296 | 'normal_cdf',
|
---|
297 | 'normal_lccdf',
|
---|
298 | 'normal_lcdf',
|
---|
299 | 'normal_lpdf',
|
---|
300 | 'normal_rng',
|
---|
301 | 'not_a_number',
|
---|
302 | 'num_elements',
|
---|
303 | 'ordered_logistic_lpmf',
|
---|
304 | 'ordered_logistic_rng',
|
---|
305 | 'owens_t',
|
---|
306 | 'pareto_cdf',
|
---|
307 | 'pareto_lccdf',
|
---|
308 | 'pareto_lcdf',
|
---|
309 | 'pareto_lpdf',
|
---|
310 | 'pareto_rng',
|
---|
311 | 'pareto_type_2_cdf',
|
---|
312 | 'pareto_type_2_lccdf',
|
---|
313 | 'pareto_type_2_lcdf',
|
---|
314 | 'pareto_type_2_lpdf',
|
---|
315 | 'pareto_type_2_rng',
|
---|
316 | 'pi',
|
---|
317 | 'poisson_cdf',
|
---|
318 | 'poisson_lccdf',
|
---|
319 | 'poisson_lcdf',
|
---|
320 | 'poisson_log_lpmf',
|
---|
321 | 'poisson_log_rng',
|
---|
322 | 'poisson_lpmf',
|
---|
323 | 'poisson_rng',
|
---|
324 | 'positive_infinity',
|
---|
325 | 'pow',
|
---|
326 | 'print',
|
---|
327 | 'prod',
|
---|
328 | 'qr_Q',
|
---|
329 | 'qr_R',
|
---|
330 | 'quad_form',
|
---|
331 | 'quad_form_diag',
|
---|
332 | 'quad_form_sym',
|
---|
333 | 'rank',
|
---|
334 | 'rayleigh_cdf',
|
---|
335 | 'rayleigh_lccdf',
|
---|
336 | 'rayleigh_lcdf',
|
---|
337 | 'rayleigh_lpdf',
|
---|
338 | 'rayleigh_rng',
|
---|
339 | 'reject',
|
---|
340 | 'rep_array',
|
---|
341 | 'rep_matrix',
|
---|
342 | 'rep_row_vector',
|
---|
343 | 'rep_vector',
|
---|
344 | 'rising_factorial',
|
---|
345 | 'round',
|
---|
346 | 'row',
|
---|
347 | 'rows',
|
---|
348 | 'rows_dot_product',
|
---|
349 | 'rows_dot_self',
|
---|
350 | 'scaled_inv_chi_square_cdf',
|
---|
351 | 'scaled_inv_chi_square_lccdf',
|
---|
352 | 'scaled_inv_chi_square_lcdf',
|
---|
353 | 'scaled_inv_chi_square_lpdf',
|
---|
354 | 'scaled_inv_chi_square_rng',
|
---|
355 | 'sd',
|
---|
356 | 'segment',
|
---|
357 | 'sin',
|
---|
358 | 'singular_values',
|
---|
359 | 'sinh',
|
---|
360 | 'size',
|
---|
361 | 'skew_normal_cdf',
|
---|
362 | 'skew_normal_lccdf',
|
---|
363 | 'skew_normal_lcdf',
|
---|
364 | 'skew_normal_lpdf',
|
---|
365 | 'skew_normal_rng',
|
---|
366 | 'softmax',
|
---|
367 | 'sort_asc',
|
---|
368 | 'sort_desc',
|
---|
369 | 'sort_indices_asc',
|
---|
370 | 'sort_indices_desc',
|
---|
371 | 'sqrt',
|
---|
372 | 'sqrt2',
|
---|
373 | 'square',
|
---|
374 | 'squared_distance',
|
---|
375 | 'step',
|
---|
376 | 'student_t_cdf',
|
---|
377 | 'student_t_lccdf',
|
---|
378 | 'student_t_lcdf',
|
---|
379 | 'student_t_lpdf',
|
---|
380 | 'student_t_rng',
|
---|
381 | 'sub_col',
|
---|
382 | 'sub_row',
|
---|
383 | 'sum',
|
---|
384 | 'tail',
|
---|
385 | 'tan',
|
---|
386 | 'tanh',
|
---|
387 | 'target',
|
---|
388 | 'tcrossprod',
|
---|
389 | 'tgamma',
|
---|
390 | 'to_array_1d',
|
---|
391 | 'to_array_2d',
|
---|
392 | 'to_matrix',
|
---|
393 | 'to_row_vector',
|
---|
394 | 'to_vector',
|
---|
395 | 'trace',
|
---|
396 | 'trace_gen_quad_form',
|
---|
397 | 'trace_quad_form',
|
---|
398 | 'trigamma',
|
---|
399 | 'trunc',
|
---|
400 | 'uniform_cdf',
|
---|
401 | 'uniform_lccdf',
|
---|
402 | 'uniform_lcdf',
|
---|
403 | 'uniform_lpdf',
|
---|
404 | 'uniform_rng',
|
---|
405 | 'variance',
|
---|
406 | 'von_mises_lpdf',
|
---|
407 | 'von_mises_rng',
|
---|
408 | 'weibull_cdf',
|
---|
409 | 'weibull_lccdf',
|
---|
410 | 'weibull_lcdf',
|
---|
411 | 'weibull_lpdf',
|
---|
412 | 'weibull_rng',
|
---|
413 | 'wiener_lpdf',
|
---|
414 | 'wishart_lpdf',
|
---|
415 | 'wishart_rng'
|
---|
416 | ];
|
---|
417 | const DISTRIBUTIONS = [
|
---|
418 | 'bernoulli',
|
---|
419 | 'bernoulli_logit',
|
---|
420 | 'beta',
|
---|
421 | 'beta_binomial',
|
---|
422 | 'binomial',
|
---|
423 | 'binomial_logit',
|
---|
424 | 'categorical',
|
---|
425 | 'categorical_logit',
|
---|
426 | 'cauchy',
|
---|
427 | 'chi_square',
|
---|
428 | 'dirichlet',
|
---|
429 | 'double_exponential',
|
---|
430 | 'exp_mod_normal',
|
---|
431 | 'exponential',
|
---|
432 | 'frechet',
|
---|
433 | 'gamma',
|
---|
434 | 'gaussian_dlm_obs',
|
---|
435 | 'gumbel',
|
---|
436 | 'hypergeometric',
|
---|
437 | 'inv_chi_square',
|
---|
438 | 'inv_gamma',
|
---|
439 | 'inv_wishart',
|
---|
440 | 'lkj_corr',
|
---|
441 | 'lkj_corr_cholesky',
|
---|
442 | 'logistic',
|
---|
443 | 'lognormal',
|
---|
444 | 'multi_gp',
|
---|
445 | 'multi_gp_cholesky',
|
---|
446 | 'multi_normal',
|
---|
447 | 'multi_normal_cholesky',
|
---|
448 | 'multi_normal_prec',
|
---|
449 | 'multi_student_t',
|
---|
450 | 'multinomial',
|
---|
451 | 'neg_binomial',
|
---|
452 | 'neg_binomial_2',
|
---|
453 | 'neg_binomial_2_log',
|
---|
454 | 'normal',
|
---|
455 | 'ordered_logistic',
|
---|
456 | 'pareto',
|
---|
457 | 'pareto_type_2',
|
---|
458 | 'poisson',
|
---|
459 | 'poisson_log',
|
---|
460 | 'rayleigh',
|
---|
461 | 'scaled_inv_chi_square',
|
---|
462 | 'skew_normal',
|
---|
463 | 'student_t',
|
---|
464 | 'uniform',
|
---|
465 | 'von_mises',
|
---|
466 | 'weibull',
|
---|
467 | 'wiener',
|
---|
468 | 'wishart'
|
---|
469 | ];
|
---|
470 |
|
---|
471 | return {
|
---|
472 | name: 'Stan',
|
---|
473 | aliases: [ 'stanfuncs' ],
|
---|
474 | keywords: {
|
---|
475 | $pattern: hljs.IDENT_RE,
|
---|
476 | title: BLOCKS,
|
---|
477 | keyword: STATEMENTS.concat(VAR_TYPES).concat(SPECIAL_FUNCTIONS),
|
---|
478 | built_in: FUNCTIONS
|
---|
479 | },
|
---|
480 | contains: [
|
---|
481 | hljs.C_LINE_COMMENT_MODE,
|
---|
482 | hljs.COMMENT(
|
---|
483 | /#/,
|
---|
484 | /$/,
|
---|
485 | {
|
---|
486 | relevance: 0,
|
---|
487 | keywords: {
|
---|
488 | 'meta-keyword': 'include'
|
---|
489 | }
|
---|
490 | }
|
---|
491 | ),
|
---|
492 | hljs.COMMENT(
|
---|
493 | /\/\*/,
|
---|
494 | /\*\//,
|
---|
495 | {
|
---|
496 | relevance: 0,
|
---|
497 | // highlight doc strings mentioned in Stan reference
|
---|
498 | contains: [
|
---|
499 | {
|
---|
500 | className: 'doctag',
|
---|
501 | begin: /@(return|param)/
|
---|
502 | }
|
---|
503 | ]
|
---|
504 | }
|
---|
505 | ),
|
---|
506 | {
|
---|
507 | // hack: in range constraints, lower must follow "<"
|
---|
508 | begin: /<\s*lower\s*=/,
|
---|
509 | keywords: 'lower'
|
---|
510 | },
|
---|
511 | {
|
---|
512 | // hack: in range constraints, upper must follow either , or <
|
---|
513 | // <lower = ..., upper = ...> or <upper = ...>
|
---|
514 | begin: /[<,]\s*upper\s*=/,
|
---|
515 | keywords: 'upper'
|
---|
516 | },
|
---|
517 | {
|
---|
518 | className: 'keyword',
|
---|
519 | begin: /\btarget\s*\+=/,
|
---|
520 | relevance: 10
|
---|
521 | },
|
---|
522 | {
|
---|
523 | begin: '~\\s*(' + hljs.IDENT_RE + ')\\s*\\(',
|
---|
524 | keywords: DISTRIBUTIONS
|
---|
525 | },
|
---|
526 | {
|
---|
527 | className: 'number',
|
---|
528 | variants: [
|
---|
529 | {
|
---|
530 | begin: /\b\d+(?:\.\d*)?(?:[eE][+-]?\d+)?/
|
---|
531 | },
|
---|
532 | {
|
---|
533 | begin: /\.\d+(?:[eE][+-]?\d+)?\b/
|
---|
534 | }
|
---|
535 | ],
|
---|
536 | relevance: 0
|
---|
537 | },
|
---|
538 | {
|
---|
539 | className: 'string',
|
---|
540 | begin: '"',
|
---|
541 | end: '"',
|
---|
542 | relevance: 0
|
---|
543 | }
|
---|
544 | ]
|
---|
545 | };
|
---|
546 | }
|
---|
547 |
|
---|
548 | module.exports = stan;
|
---|